Dès le 16 novembre 1861, une première messe y est célébrée pour elle, sur l’autel de Notre-Dame-des-Victoires. Mais ce n'est que vingt ans plus tard, le 4 décembre 1881, que la chapelle est enfin consacrée, sous le double vocable de sainte Claire et du Cœur Immaculé de Marie, Refuge des pécheurs.
Depuis, la chapelle a été restaurée à plusieurs reprises et repeinte dans les années 1960. En 2004, à l’occasion des cent cinquante ans du Séminaire, l'espace liturgique a été complètement réaménagé, et l'autel placé au centre. L'ensemble de la décoration a été revu, mettant à jour quelques fresques du XIXème siècle et intégrant dans le chœur des mosaïques du père Marko Rupnick, représentant l'Annonciation, la Pentecôte et le Christ-Prêtre (2005), avec au centre le Christ en gloire, le Pantocrator (2011).
Notre communauté se réunit trois fois par jour dans la chapelle pour célébrer l'Eucharistie et prier la Liturgie des Heures. Cette chapelle, qui est aussi le lieu de la prière personnelle et de l’adoration silencieuse, est au cœur de la vie de la maison.