Les bâtiments originels du couvent des Clarisses sont vétustes, inadaptés à un séminaire, et presque insalubres. C’était une « pauvre maison » !
En juin 1878, le cardinal Guibert, archevêque de Paris, dans un entretien familier avec les séminaristes, leur dit, à propos du Séminaire français : « J’ai toujours regardé cette œuvre comme une des plus grandes et des plus utiles fondations de notre siècle. J’ai applaudi au courage de ceux qui l’ont entreprise ; je l’ai toujours favorisé de mon influence et lui serai dévoué jusqu’à la mort, parce qu’elle est faite pour resserrer de plus en plus l’union de l’Eglise de France avec l’Eglise mère et maîtresse de toutes les Eglises du monde catholique ».
Le lendemain, le Cardinal dit en aparté au Supérieur : « Voyez-vous, mon Père, c’est une grande et belle œuvre que vous dirigez là, mais matériellement votre maison n’y répond guère, il faut la rebâtir ». On décide alors de racheter les propriétés attenantes et on lance une grande souscription à travers toute la France.
D’août 1883 à octobre 1890, les vieux bâtiments sont progressivement remplacés, sans déplacer la communauté, par un ensemble architectural unifié et ample, où l'air et la lumière pénètrent abondamment. L’architecte, M. Carimini, a pour référence Bramante et le style architectural romain du XV° siècle. « Il savait apprécier la belle simplicité antique et donner à ses productions de la noblesse, de la grâce et de l’harmonie » dit le Supérieur de l’époque. « Du vieux Santa-Chiara, il n’est pas resté pierre sur pierre, Non plus que des maisons adjacentes. Un seul bâtiment a dû être respecté : l’ancienne salle de bains d’Agrippa, redevenue ce qu’elle était au temps des clarisses, le réfectoire de la communauté ».
C’est encore dans ces bâtiments, qui ont été régulièrement entretenus et restaurés, que le Séminaire réside, au cœur du centre historique de Rome, juste derrière le Panthéon, sur les anciennes thermes d’Agrippa (- 25 avant J.C.), dont on trouve encore quelques vestiges dans la maison.